Ada sebuah legenda di luar sana, tentang sebuah Sea Temple yang diciptakan oleh Penduduk Air, tempat Mahkota Laut disimpan. Tidak ada yang pernah melihat Mahkota Laut ini, dan sangat sedikit orang yang tahu cerita tentang kuil tersebut, kecuali beberapa anggota Penduduk Air yang mengembara melalui dunia Pokémon. Itu semua berubah saat Ksatria Pokémon bernama Jackie menyelamatkan Telor Manaphy dari bajak laut serakah bernama Phantom! Phantom benar-benar bertekad untuk merebut Mahkota Laut, dan dia akan membutuhkan Manaphy untuk mencapainya. Untuk tetap selangkah di depan, Jackie perlu meminta bantuan Penduduk Air.
Sebuah kesempatan bertemu dengan Penduduk Air menempatkan Ash Ketchum, May dan teman-teman tepat di tengah aksi, dan May membentuk ikatan yang sangat istimewa dengan Manaphy Mistik, bahkan saat momok Phantom semakin dekat! Bersama-sama, mereka harus menemukan Sea Temple sebelum Phantom melakukannya, membuka rahasia yang menghubungkan Manaphy dan Sea Temple!
